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廣西醫科大學基礎醫學院，下設學院辦公室、教研科、學生工作辦公室、學院團委4個行政職能部門，基礎醫學系、生命科學與技術系、生物醫學工程系、基礎醫學實驗教學中心4個教學系（中心）和基礎醫學實驗中心、廣西“神經生物學研究”特聘專家實驗室2個科研實驗室，其中基礎醫學系涵蓋6個教研室即微生物學教研室、免疫學教研室、人體解剖學教研室、組織學與胚胎學教研室、病理生理學教研室、寄生蟲學教研室，生命科學與技術系涵蓋4個教研室即生理學教研室、生物化學與分子生物學教研室、生物技術教研室、細胞生物學與遺傳學教研室，生物醫學工程系涵蓋4個教研室即物理學教研室、電子學教研室、醫療儀器與臨床工程教研室、數學與信息工程教研室，基礎醫學實驗教學中心涵蓋3個教學實驗室（中心）即實驗生理科學實驗中心、形態學實驗室、分子醫學教學實驗室。